昆明醫(yī)科大學海源學院總共有16個專業(yè)。

昆明醫(yī)科大學海源學院本科專業(yè)有13個：信息管理與信息系統(tǒng)、勞動與社會保障、藥學、環(huán)境科學、英語、口腔醫(yī)學、醫(yī)學檢驗、臨床醫(yī)學、護理學、醫(yī)學影像學、臨床醫(yī)學專業(yè)（整形美容方向）、臨床醫(yī)學專業(yè)（腫瘤學方向）、公共事業(yè)管理。

昆明醫(yī)科大學海源學院其他專業(yè)有3個：康復(fù)治療學、運動康復(fù)與健康、應(yīng)用心理學。